2297份临床病例标本SARS-CoV-2核酸检测情况及病毒分子特征分析

目的 分析2020年1-2月长沙市疾病预防控制中心微生物实验室收集的2297份新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测基本情况和病毒的分子特征.方法 对2020年1月19日-2020年2月29日送至长沙市疾病预防控制中心微生物实验室的新冠肺炎疑似病例咽拭子或呼吸道标本提取病毒RNA,采用实时逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription poly-merase chain reaction,real-time RT-PCR)进行SARS-CoV-2核酸检测;检测阳性标本用SARS-CoV-2全基因组捕获试剂盒进行SARS-CoV-2核酸富集,采用Illumina Miseq测序平台进行病毒全基因组测序,运用SPAdes-3.13.0软件进行序列拼接.从GISAID数据库中下载SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析.结果 共检测临床疑似病例标本2297份,其中SARS-CoV-2核酸阳性标本215份;阳性病例中,男性110例,女性105例,男女性别比为1.05∶1;40～＜60岁年龄组核酸检测阳性率最高(11.35％),6岁以下儿童检出阳性率最低(5.49％).阳性病例检出高峰为第5周(2020年1月26日-2月1日),后逐渐减少,2020年2月25日后无本土新增病例出现.共获得5条SARS-CoV-2全基因组序列,与武汉参考病毒毒株相比核苷酸突变位点数为4～6个,同源性均在99.90％以上;除C8782T、T28144C 2个突变位点外,其他位点突变仅出现一次,呈现随机性;系统进化分析显示5条序列与同时期国内流行序列高度同源,分属于L/B和S/A 2个基因型.结论 通过快速核酸检测和隔离等有效防控措施,长沙市本土SARS-CoV-2的流行在经历约2周的上升期后即开始下降,6周后再无新增确诊病例;全基因组序列分析发现2020年初长沙市流行的SARS-CoV-2与武汉首次报道的病毒高度同源,从输入到本土传播流行期间病毒未出现明显变异.