基于序列特征和自组织映射网络的冠状病毒重组分析

目的 分析新型冠状病毒(新冠病毒)各个编码序列可能的重组来源,为理解新冠病毒的重组进化规律提供新的见解.方法 选取公共数据库中与新冠病毒序列相关的典型β属冠状病毒全基因组序列,采用特征提取和自组织映射神经网络的方法对冠状病毒各个编码序列进行聚类分析,进而实现对新冠病毒进行重组来源分析.结果 Wuhan?Hu?1的ORF1a基因和ORF1b基因序列与Yunnan RmYN02序列特征相似度较高,M和N编码序列与Yunnan RaTG13序列特征更为接近,而S基因序列则与Yunnan RaTG13和穿山甲冠状病毒中相关序列特征相似.结论 重组是冠状病毒进化的重要动力,对冠状病毒重组进化规律的分析有助于了解新冠病毒的起源.从序列特征的角度分析了新冠病毒5个长编码序列可能的重组起源,但仍存在一些短编码序列的重组起源并不清楚,亟需更多关于新冠病毒溯源的采样研究.