dapb1基因对诺卡菌系统分类和物种鉴定方法的建立与评价

目的 评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力.方法 从公共数据库中获得230株菌株(198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株)基因组序列,从198株诺卡菌(90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株)基因组中提取dapb1基因,采用clustalo进行多序列比对,并用iqtree构建系统发育树.计算全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI),并对16S rRNA序列进行PCR扩增,扩增片段经纯化后测序,与dapb1基因鉴定结果进行比较.结果 基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树,90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支,种间相似度为73.80％～97.74％,平均相似度为82.40％.将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株,结果显示16S rRNA基因与ANI 一致率为77.7％,而dapb1基因与ANI 一致率为100％,dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性,可对诺卡菌进行准确的定种.其98.08％的序列相似度可作为诺卡菌菌种鉴定的界值.结论 dapb1基因具有良好的种间分辨率,可对诺卡菌进行快速、准确的定种,能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系,可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、暴发溯源和流行株的传播监测.