低温胁迫下巴西橡胶树三倍体全长转录组测序分析
Tropical Agricultural Science & Technology（2022）
摘要
低温寒害是制约我国橡胶树种植业发展的关键因素,为了增加国内橡胶自给率,培育抗寒能力强的无性系以扩大种植面积是有效途径之一.本研究以云南培育的三倍体无性系"云研77-4"为材料,采用PacBio测序技术对不同时间低温胁迫处理的混合样进行全长转录组测序及分析,共产出41.85 Gb的clean data数据,分析得到高质量转录本154484条,平均每条序列长度为2181 bp,其中新转录本70055条.经对新发现转录本的SSR、编码区序列预测、lncRNA及转录因子分析,并对新转录本进行功能注释,共发现80432个SSRs,66182个ORF,66684个功能基因,预测到转录因子12064个,其中包含了与抗逆性相关的MYB、C3H转录因子.本研究可为进一步筛选抗寒性相关的转录因子和抗寒三倍体育种提供参考.
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