高粱泡叶绿体基因组特征分析

目的解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征。方法采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序，经组装和注释后，对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析，并使用maximum likelihood 法构建高粱泡与48个悬钩子属及2个路边青属植物的系统发育树。结果高粱泡叶绿体基因组结构为经典四段式结构，其大小为156 266 bp，总GC含量为37.2%，大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为85 849和18 855 bp，反向互补重复区长度为25 781 bp，共注释131个基因，包含86个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。高粱泡叶绿体基因组密码子中有33个以A、U结尾，18个密码子确定为最优密码子；ENC-plot等绘图分析揭示其密码子偏好性更多地受自然选择影响。系统发育树表明：高粱泡与棕红悬钩子亲缘关系最近，其次是蛇泡筋和锈毛莓。结论高粱泡的叶绿体基因组相对较大，且较为保守，并与棕红悬钩子亲缘关系最近。研究结果可为高粱泡乃至悬钩子属植物叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。