基于家蚕转录组测序的SSR序列分析

本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征.结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中.SSR位点的基序长度以1 bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加.家蚕SSR单核苷酸基序类型以A/T为主,占总基序数量的53.10％.SSR位点重复次数主要集中在5～12次,占总SSR位点数的87.60％,其中单核苷酸重复10次的SSR位点最多,共有368个.家蚕转录组SSR基序长度分布范围为10～688 bp,高度多态性SSR位点(长度≥20 bp)有253个,占比18.89％.960个Unigene中分别有125、122个在GO、KEGG数据库中得到功能注释,主要包括蛋白结合、DNA结合、剪接体、代谢途径等通路.随机选择20对EST-SSR引物进行验证,发现19条引物扩增成功.