冬季天津典型集约化畜禽养殖场粪便抗性基因物种归属关系研究

目的 了解天津市集约化畜禽养殖场(猪、牛、鸡)冬季粪便中抗性基因的多样性和丰度以及抗性基因与物种的归属关系.方法 于2018年12月-2019年2月使用基于高通量测序的宏基因组方法对9个养殖场、3种不同畜种粪便中的物种组成和抗性基因进行测序分析,并对两者之间的关系进行关联分析.结果 各样品中相对丰度最高的前3个物种为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria);基于CARD数据库比对共注释到839种抗生素抗性基因(ARGs),鸡、牛、猪粪便中分别检出571、568、629种抗性基因.根据同一畜种所有样品的物种注释结果获取各畜种粪便中各抗性基因对应的物种信息可知,牛粪中有31％的抗性基因来自变形菌门;鸡粪和猪粪中抗性基因分别有34％和31％来自于厚壁菌门.结论 本次调研的3种畜禽粪便中的抗性基因有50％以上来源于变形菌门和厚壁菌门.