外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白生物信息学分析

目的 采用生物信息学方法分析外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白的结构和功能.方法 利用NCBI数据库查询外源性对绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白基因序列,采用在线软件ProtParam、Prot Scale、DNAS-TAR、SOPMA、SWISS MODEL、 SOSUI、TMHMM2.0、Signal 4.1、Bepipred Linear Epitope Prediction、PROSITE SCAN、PSOTR分析预测env蛋白的理化性质、亲疏水性、二级结构、三级结构、跨膜区、信号肽、B细胞表位、结构域、亚细胞定位.结果 env蛋白由615个氨基酸组成,分子式为C3144 H4924 N840 O870S29,相对分子质量为69.5×103,理论等电点为8.48,不稳定系数为37.04(为稳定蛋白),脂肪系数平均为99.56,总平均亲水性为-0.048.二级结构以α-螺旋为主,占42.769,无规卷曲占38.7％,延伸链占16.59％,β-转角占1.59％.三级结构env蛋白序列与同源模板的序列在408～540区域存在21％的同源性,只能进行部分同源建模.env蛋白存在2个跨膜区,无信号肽.env蛋白包含有20个线性表位,其中356-442、490-555、104-131、206-230、448-469区段是env蛋白的优势抗原表位区段.env蛋白包含9个N-糖基化位点,4个蛋白激酶C磷酸化作用位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点,4个N-豆蔻酰基化位点,1个酰胺化位点,1个细胞附着序列位点.亚细胞定位分析预测env蛋白为细胞膜蛋白,env蛋白绵羊肺腺瘤病毒的囊膜蛋白.结论 外源性绵羊肺腺瘤病毒新疆株env囊膜蛋白存在多个B细胞抗原表位及1个细胞附着序列位点,可作为潜在抗原用于env蛋白绵羊肺腺瘤病毒感染疫苗的研制.