基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后分析

通过生物学信息方法筛选和分析肝癌组织与癌旁组织中的差异表达基因(DEGs),为肝癌早期预防、诊断以及治疗的靶点筛选提供参考.利用Rstudio中Limma包筛选出肝细胞癌(HCC)肝癌组织与癌旁组织的DEGs;Metascpape对DEGs进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;STRING数据库构建PPI网络后,利用Cytoscape软件进行可视化并筛选关键基因,将筛选的关键基因利用GEPIA分析癌旁组织与肝癌组织中的基因表达及随肿瘤分期变化情况;Kalpan Meier-Plotter对关键基因的生存曲线进行分析;两芯片筛选出453个共有的DEGs,其中,上调基因149个,下调基因304个.上调DEGs主要富集在细胞分裂、细胞周期G1/S相变、细胞周期的正调控、DNA复制等生物过程;下调DEGs主要富集在一元羧酸代谢过程、有机酸分解过程、环氧酶P450途径、辅酶代谢过程等生物过程.通过对肝癌相关芯片数据的生物学信息分析发现,BUB1、AURKB、CDC20、CCNB1、CDCA8、CDK1、CCNB2、BUB1B、KIF2C等9个上调关键基因均与H CC预后不良相关,可能是肝癌发生发展的潜在靶点.