半滑舌鳎lnc-XR_003049606.1及其靶基因pmelb在无眼侧皮肤黑化过程中的表达

为探究人工养殖半滑舌鳎无眼侧皮肤经常出现黑化现象的成因,实验根据本课题组前期全转录组数据分析结果预测得出lnc-XR_003049606.1与pmelb在基因层面上存在反式调控的关系.在半滑舌鳎无眼侧黑化皮肤中克隆获得pmelb的cDNA序列.生物信息学分析结果显示,pmelb的cDNA序列全长1755 bp,编码584个氨基酸,其预测的蛋白分子量为63.94 ku,理论等电点为5.12,预测的二级蛋白结构含有1个Pleckstrin同源域、1个布鲁顿酪氨酸激酶富胱氨酸基序、1个Src同源3域、1个Src同源2域和1个酪氨酸激酶催化结构域.系统进化树分析显示,pmelb与其他鱼类对应的基因聚为一支.氨基酸同源性分析显示,半滑舌鳎的pmelb与大菱鲆和牙鲆的相似性最高(分别为68.05％和66.28％).分别通过分析半滑舌鳎lnc-XR_003049606.1和pmelb的表达分析发现,lnc-XR_003049606.1在1龄半滑舌鳎的皮肤和肝脏中表达,皮肤中表达量在60 d达到顶峰,随着时间延长而降低;而pmelb则主要在皮肤中表达,表达量在时间线上先升高再降低.本研究初步探究了lnc-XR_003049606.1和pmelb间的表达关系,为进一步筛选半滑舌鳎无眼侧黑化过程中起作用的关键基因提供了思路.