基于叶绿体DNA序列atpI-rsp2和psbC-trnS的山药种质资源遗传多样性分析

[目的]基于叶绿体DNA(cpDNA)序列atpI-rsp2和psbC-trnS分析山药种质资源的遗传多样性,为山药种质资源鉴定、创新利用及新品种选育提供理论依据.[方法]以来自14个省(区)的64份山药种质为材料,对其atpI-rsp2和psbC-trnS序列进行多态性扩增并测序,经拼接、比对后,利用MEGA 7.0计算种质间的遗传距离并构建系统发育进化树,并利用DNAsp 5.0分析核苷酸多态性,采用NET Framework 4.6.1绘制单倍型间的中介邻接网络结构.[结果]atpI-rsp2和psbC-trnS序列合并序列长度为1938 bp,共有117个插入/缺失位点(IS)和14个变异位点(Vs),转换率(Si)为49.1％,总体转换/颠换偏倚率(R)为0.928,共产生30种单倍型,其中有21种为独享单倍型,9种为共享单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(p)分别为0.9206和0.00139.atpI-rsp2序列和psbC-trnS序列及合并序列的Tajima's D、Fu and Li's D*和F*均为负值,其差异均未达显著水平(P>0.10),说明这2个序列在进化上符合中性进化模式.64份山药种质的遗传距离为0～0.003865,平均遗传距离均为0.001400.中介邻接网络结构分析结果显示,30种单倍型可分为3类,其中,H5为较原始单倍型.[结论]64份山药种质资源的遗传距离较近,遗传背景相似,可能是由于长期地区间引种导致,与地理距离不完全相关.atpI-rsp2和psbC-trnS序列可用于山药物种鉴定和系统进化分析等研究领域.