影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA (lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据.本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n-3)和大约克夏公猪(n-3)为研究对象,收集背最长肌肉品质表型数据,利用相同个体背最长肌转录组数据筛选差异表达lncRNAs和差异表达基因(DEGs).根据差异表达lncRNAs和DEGs位置关系以及表达的相关性预测lncRNAs顺式作用(cis)和反式作用(trans)的靶DEGs,并对trans靶DEGs进行GO生物学过程和KEGG通路富集分析.进一步筛选潜在影响肌肉生长发育和脂肪沉积的候选差异表达lncRNAs和靶DEGs,构建lncRNAs-DEGs-生物学过程调控网络.最后将筛选的候选靶基因与藏猪和大约克夏猪的肉质性状(滴水损失、pH、肉色、大理石花纹、肌内脂肪含量、肌纤维横截面积、眼肌面积和维生素B1含量)进行关联分析.结果 显示,在藏猪和大约克夏猪背最长肌组织中共鉴定出1546个lncRNAs和20219个mRNAs,其中包括49个差异表达lncRNAs和154个DEGs,差异表达lncRNAs分别顺式和反式调控7个和138个靶DEGs.功能富集分析发现,大量靶DEGs显著富集到与肌肉生长发育和脂肪沉积相关的生物学过程,包括磷脂酰肌醇3-激酶信号的正调控、肌肉结构发育、脂肪细胞分化、JAK-STAT级联的正调控、MAPK级联的正调控等.调控网络显示,MSTRG.34836.10、MSTRG.151.1调控的靶DEGs最多,其次是MSTRG.21406.1、MSTRG.26709.1.关联分析发现,这些lncRNAs调控的候选靶DEGs有11个与肉质性状显著相关.综上表明,本研究鉴定的部分差异表达lncRNAs与肌肉生长发育和脂肪沉积有关,分析发现这些差异表达lncRNAs可能通过调控HES1、LEP、 TGFB2和PER2等基因的表达影响猪肉品质,为进一步解析猪肉质性状的潜在分子机制奠定了基础.