广东3个地方鸡种mtDNA D-loop全序列的遗传多样性分析

基于mtDNA D-loop全序列分析广东3个地方鸡种的遗传多样性.利用PCR和测序技术获得清远麻鸡、阳山鸡和惠阳胡须鸡共98个个体mtDNA D-loop全序列,结合NCBI已收录的地方鸡种、红色原鸡和绿头鸭共33条序列综合分析.结果表明:广东3个地方鸡种mtDNA D-loop区全长1231～1232 bp,其A、C、G和T碱基含量分别为26.5％～26.7％、26.4％～26.6％、13.3％～13.4％和33.5％～33.6％,平均G+C含量39.8％,98个个体共检测到44个SNP位点,其中单一多态位点6个、简约信息位点38个,转换率81.82％大于颠换率22.22％;存在34种单倍型,单倍型多样度为0.659～0.953,核苷酸多样度为0.00128～0.00830;根据单倍型可分为A、B、C、D、E和H共6个世系,其中C(46.94％)和B(24.49％)为优势世系;29个鸡种进化分歧值分布在0.002～0.016之间,其中63.68％的鸡种分歧值小于0.01;131条序列综合分析获得51个单倍型,惠阳胡须鸡分布在Hap 24(57.5％)、Hap 27(10.0％)和Hap 3(7.5％);清远麻鸡与阳山鸡具有多个单倍型(大于10个).系统发生树结果表明29个鸡种汇集在一个大类,惠阳胡须鸡集中分布在一个分支(C),清远麻鸡和阳山鸡分别分布在A～D分支和B～D分支.上述结果表明清远麻鸡和阳山鸡具有丰富的多样性并高于惠阳胡须鸡,除惠阳胡须鸡外可能有4个母系来源.