北京地区1株鸽圆环病毒全基因组测定及遗传进化分析

[目的]了解北京地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)的基因组特征及变异规律.[方法]以3只发病鸽的肝脏和脾脏组织为模板,采用PCR技术检测病原.以检测阳性的肝脏组织DNA为模板,应用PCR技术分段扩增PiCV的全基因序列.应用DNAStar和Mega 7.0软件对扩增得到的全序列进行拼接和核苷酸序列比对,并构建系统进化树,对病毒基因组的2个开放阅读框分别进行核苷酸和氨基酸序列比对,并构建系统进化树.[结果]经PCR检测,3只病鸽中有1只病鸽的组织中检测到PiCV阳性,并未检出其他病毒.采用PCR分段扩增成功获得了 1株PiCV的全基因组序列,命名为PiCV BJ,该病毒基因组大小为2 034 bp,包含有2个主要的开放阅读框(ORFs),ORF-V1编码Rep蛋白,ORF-C1编码Cap蛋白.相似性比对结果显示,PiCV BJ株基因组序列与GenBank上登录的其他参考序列的核苷酸相似性在86.0％～97.0％之间,与2011年分离自波兰的PL53相似性为97.0％.遗传进化结果显示,PiCV BJ株与2014年分离自波兰的PL124在同一分支,亲缘关系较近;与其他禽源圆环病毒不在同一分支,亲缘关系较远.PiCV BJ株Cap基因的起始密码子为ATG,与2011年分离自比利时的11-08304株核苷酸、氨基酸序列相似性高达95.8％和85.2％;Rep基因与2011年分离自波兰的PL53相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别高达94.6％和96.2％;Cap和Rep基因的进化树分析结果也显示,PiCV BJ株均与PL53和11-08304株在同一分支,亲缘关系较近,这与相似性分析的结果一致.[结论]PiCV BJ株来自国外,可能由赛鸽引种传入中国,提示在外部引种时要做好病毒监测.本研究丰富了 PiCV的遗传学研究资料,为进一步探究PiCV的遗传变异及传播机制提供了参考依据,也为PiCV的防控提供了重要的理论基础.