三浅裂野牵牛MADS-box基因家族全基因组鉴定与组织特异性表达分析

在甘薯近缘种三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)全基因组水平上对MADS-box基因家族进行鉴定和分析,结果表明,在三浅裂野牵牛基因组中,共鉴定到38个MADS-box(ItfMADS)成员.根据理化性质分析,各成员的氨基酸数目差异很大,有26个成员显碱性.亚细胞定位表明,在这些成员中有32个定位于细胞核.系统进化分析发现,ItfMADS家族可分为Ⅰ型和Ⅱ型2类,Ⅰ型包含9个成员,Ⅱ型包含29个成员.染色体定位分析发现,该38个ItfMADS成员不均匀地分布在三浅裂野牵牛基因组的12条染色体上,其中染色体11(Chr11)上的成员数最多(9个),而Chr12和Chr00仅有1个成员.结构域保守基序分析表明:各成员均含有MADS-box结构域,Ⅱ型的各成员还含有K结构域;motif 1和motif 3是ItfMADS蛋白的重要保守基序.基因结构分析表明,各成员中的内含子和外显子数量差异较大.启动子顺式作用元件分析发现,响应光的顺式作用元件最多.表达模式分析发现,ItfMADS基因在不同的组织中表达存在差异,且在不同胁迫下的表达量也不同,说明ItfMADS基因可能参与了胁迫响应.本研究为甘薯MADS-box基因的功能鉴定提供了参考,也为甘薯的分子育种奠定了基础.