狼山鸡下丘脑和卵巢组织全基因组DNA甲基化分析

为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式.结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35％和3.48％,差异显著(P＜0.05);下丘脑和卵巢中分别检测到6 150 000和10 320 000个甲基化胞嘧啶(mC)位点,其中mCG类型位点分别占69.99％和87.88％,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区(P＜0.01),极显著高于基因间区(P＜0.01);下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著(P＞0.05),却显著高于基因间区(P＜0.05);下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组(P＜0.05;P＜0.01).综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据.