六安市新型冠状病毒肺炎病例流行病学及病原学分析

目的:了解六安市新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征和基因组变异情况，为疫情防控提供依据。方法:收集六安市69例新型冠状病毒肺炎确诊病例流行病学资料，进行统计学分析。运用全基因组靶向捕获技术和纳米孔单分子测序技术对其中的58份临床样本进行全基因组测序，通过MEGA 4.0软件中的MUSCLE方法进行序列比对和分析，将全基因组序列上传至国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果:69例新型冠状病毒肺炎确诊病例中，男性44例，女性25例，男女性比为1.79:1；年龄范围从10月龄~78岁；重症9例，45岁以上占6例，无死亡病例；输入性病例28例（40.58%）；69例确诊病例中城区（含县城）22例（31.88%），农村47例（68.12%）；其中58份样本经三代测序得到37个完整的全基因组序列，经全球共享流感数据倡议组织（GISAID）网站分析，4株为S型，28株为L型，其余5株为其他型。与参考株（GenBank Acession: NC_045512.2）比对，24个基因组中共有36个核苷酸位点发生了变异，引起氨基酸变异的有21个。结论:六安市重症病例以中老年为主；疫情由输入性向本地续发过渡，输入性病例多属早期病例；新冠病毒主要为L型，与武汉地区基本一致。