人ANKRD49基因及其编码蛋白质的生物信息学分析

目的 分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据.方法 利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白质与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊氨基酸的同源性,同时分析与其他几种含ANK结构域蛋白质在进化上的亲缘关系;采用ProtParam tool软件进行ANKRD49蛋白质的理化性质、等电点、相对分子质量预测,DNAMAN软件进行其二级结构及亲(疏)水性分析;采用SignalP 4.1软件预测ANKRD49蛋白质的信号肽,TMpred软件预测其跨膜区;采用Motif Scan软件进行ANKRD49蛋白质翻译后修饰分析,CharlesKW数据库(http://www.geneinfinity.org)预测其相互作用蛋白质.结果 人ANKRD49基因位于第11号染色体,其转录的mRNA有1908个碱基(bp),含有3个外显子,有7个转录本;该基因编码的蛋白质含239个氨基酸(aa),分子式为C1192H1860N340O386S5,相对分子质量为27290.2,等电点理论值为5.00,不稳定系数为34.25.ANKRD49蛋白质为可溶性蛋白质,无信号肽,属于非跨膜类蛋白;与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊同源性高达78.65％;与其他几种ANK家族的蛋白具有较高的亲缘关系;可能与MT3、KLF11、MPL、HBG1、HBG2、ZBED5、ELAVL2和ARHGEF16有相互作用.结论 人ANKRD49基因及其编码蛋白在进化上高度保守,是一个可溶性蛋白质,互作蛋白分析推测其可能与MT3、KLF11等蛋白质相互作用,为研究ANKRD49的生物学功能提供了参考.