基于生物信息学的胆囊癌差异表达谱中关键蛋白调控基因分析

背景与目的:胆囊癌(GBC)的机制发生目前仍不清楚,基因组与转录组层面的数据为研究GBC的分子生物学机制提供了基础数据资源.本研究运用生物信息学手段分析GBC组织和胆囊正常组织的差异表达基因以及GBC关键蛋白调控分子,从而探讨GBC发生的潜在分子生物学机制.方法:基于GEO数据库中两个GBC转录组数据集筛选差异表达基因,并对这些基因进行GO三种类型功能注释.利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并进行模块挖掘寻找关键蛋白调控基因.评估关键蛋白调控基因的表达及预测效能.结果:共筛选到140个可重复GBC差异表达基因(上调基因20个,下调基因120个),主要与前脑发育和神经发生的正调控通路密切相关,参与突触后膜和横小管组成.同时发现SFRP1这一关键调控蛋白基因在预测GBC的发生中具有一定作用.结论:本研究获得的GBC转录谱表达的信息可为GBC分子机制的研究提供框架和脉络,关键蛋白调控基因SFRP1可能在GBC的发生与发展中发挥关键生物学作用.