非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因在脑胶质瘤中的表达及意义

目的:基于中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)和癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库分析非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因( PTPN12)在脑胶质瘤中的表达和意义。 方法:回顾性分析CGGA数据库(325例)和TCGA数据库(636例)中脑胶质瘤患者的临床资料和RNA测序数据。分析不同世界卫生组织(WHO)肿瘤级别、四分型亚型、异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶( MGMT)启动子甲基化状态的患者 PTPN12表达量的差异。根据 PTPN12的表达量将患者分为 PTPN12高表达组和 PTPN12低表达组，采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，比较两组患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断 PTPN12对脑胶质瘤患者的预后作用。进一步通过基因本体(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析获得基因相关的功能以及有关的通路。 结果:两数据库中， PTPN12的表达量均随脑胶质瘤病理级别的升高而升高(均 P<0.01)；与 IDH突变型比较， IDH野生型中 PTPN12表达量升高(均 P<0.01)； MGMT启动子非甲基化者 PTPN12表达量高于 MGMT启动子甲基化者(均 P<0.01)； PTPN12在经典型、间质型、神经元型以及前神经元型中表达量的差异均具有统计学意义，间质型中表达量最高(均 P<0.01)。两数据库中， PTPN12高表达者均比低表达者的生存期短(均 P<0.01)。两个数据库中，多因素Cox回归分析结果均显示， PTPN12表达量为脑胶质瘤患者生存期的独立影响因素(CGGA数据库中， HR＝1.433，95% CI：1.094～1.876， P＝0.009；TCGA数据库中， HR＝1.588，95% CI：1.018～2.477， P＝0.042)。GO分析结果显示， PTPN12表达量正相关的基因更多地富集在增殖、凋亡、黏附、蛋白水解、免疫反应、血管生成、药物反应、缺氧反应、肿瘤细胞G 2/M期的转化、肿瘤细胞G 1/S期的转化等多个与脑胶质瘤恶性进展相关的功能上。KEGG分析结果显示，与 PTPN12表达量呈正相关的基因更多地富集在肿瘤相关通路、PI3K-Akt通路、丝裂原活化蛋白激酶通路、肿瘤坏死因子通路、缺氧诱导因子1通路、p53通路、凋亡通路以及细胞周期通路上。 结论:不同WHO肿瘤级别的脑胶质瘤患者 PTPN12表达量不同， PTPN12表达量可独立用于脑胶质瘤患者的预后判断，且与多个脑胶质瘤恶性进展相关的功能和通路有关。