胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

目的 探讨纤调蛋白(FMOD)基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤(GBM)中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系.方法 检索国癌症基因组图谱计划数据库(TCGA)和国国立卫生院下属基因表达数据库(GEO)下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923.分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片(Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips),均位于非CpG岛区域(www.illumina.com)]β值(与甲基化水平呈正相关).结果 与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化.将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关(P＜0.001).Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长(P＜0.05).FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低(P＜0.05),而FMOD基因表达水平明显增高(P＜0.05).结论 本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关.