青藏高原藏羚羊粪便携带小双节RNA病毒调查分析的研究

目的 调查小双节RNA病毒(Picobirnavirus,PBV)在藏羚羊粪便中的携带情况,并对序列进行分析.方法 提取160份藏羚羊粪便样品总RNA,利用转录组测序得到藏羚羊PBV序列,并且采用巢式RT-PCR验证大于1 500 nt接近全长的序列.基于藏羚羊PBV的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)氨基酸序列构建系统进化树;提取藏羚羊PBV起始密码子上游20个核苷酸,分析核糖体结合位点(ribosomal binding site,RBS)在5'非编码区(5'un-translated region,5'UTR)的分布情况.结果 转录组测序结合巢式RT-PCR得到7份藏羚羊粪便携带分节段(8条segment 1和13条segment 2)和不分节段PBV(1条不分节段的PBV).14条藏羚羊PBV RdRp核苷酸和氨基酸序列一致性为25.4％～97.7％和16.4％～98.2％.系统发育分析表明14条藏羚羊PBV序列处于分散分布,其中11条序列分散在基因Ⅰ群(geno-group Ⅰ,GⅠ),3条分散在基因Ⅱ群(genogroup Ⅰ,GⅡ),它们与亲缘关系最近的物种核苷酸和氨基酸序列一致性分别为52.3％～76.4％和50.9％～79.5％;藏羚羊与旱獭不分节段PBV分布于GⅡ中,核苷酸序列一致性为47.6％,氨基酸序列一致性为45.8％.经比对发现有13条藏羚羊PBV的5'UTR存在RBS.结论 藏羚羊是PBV潜在宿主之一,藏羚羊PBV序列具有高度遗传多样性.