注射剂微生物污染的全基因组测序溯源分析研究

目的:对某制药企业注射剂无菌检查阳性污染菌A1(葡萄球菌)进行溯源.方法:采用Illumina平台高通量测序对A1和采集自生产和检验环节的16株葡萄球菌进行全基因组测序,使用Unicycler软件对序列进行拼接,用Prokka软件进行菌株基因预测,通过计算基因组序列与模式菌株之间的OrthoANI值和AF值进行菌株鉴定,用orthoANI软件进行两两orthoANI值比较;用kSNP软件进行两两SNP比较,并通过距离矩阵转换进行聚类分析,分析了菌株的基因组大小、GC含量、编辑基因数量等特征以及A1与其他收集菌株的同源性关系.结果:无菌检查阳性污染菌A1菌株为科氏葡萄球菌,基因组大小为2 765 495 bp,GC含量32.27％,在调查样本中,A1菌株的核酸信息与无菌检验环境污染菌A2菌株的核酸信息具有最大相似性.结论:全基因组测序简便、快速、稳定、准确,其两两orthoANI值比较、SNP比较及聚类分析结果准确显示菌株的同源性关系,适用于对污染菌株进行准确溯源,有利于制药企业实现对生产和检验过程的微生物控制.