喉鳞状细胞癌颈部淋巴结转移关键长链非编码RNA预测模型构建

目的 分析喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)颈部淋巴结转移相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA表达谱的变化,构建LSCC颈淋巴结转移关键lncRNA预测模型.方法 选取2例LSCC伴颈部淋巴结转移患者和1例LSCC无颈部淋巴结转移患者的喉癌组织标本、癌旁组织标本和颈部淋巴结组织标本,通过CeRNA芯片技术筛选出喉癌组织、伴颈部淋巴结转移的喉癌组织及淋巴结阳性转移的淋巴结组织中差异表达的lncRNA和mRNA;基于差异lncRNA和mRNA表达信号值进行共表达分析,通过靶基因的生物学功能间接预测LSCC颈淋巴结转移关键lncRNA的生物学功能.结果 筛选出喉癌组织、伴颈部淋巴结转移的喉癌组织、淋巴结阳性转移的淋巴结组织中差异表达最明显的lncRNA 6种:CCAT1、lnc-AC096644.1-5:1、lnc-KRT79-1:1、lnc-RP11-90M5.1.1-5:1、NONHSAT132596和RP11-574O7.1;伴颈部淋巴结转移的喉癌组织中43个差异表达的lncRNA和15个差异表达的mRNA,淋巴结阳性转移的淋巴结组织中102个差异表达的lncRNA和38个差异表达的mRNA参与lncRNA-mRNA共表达网络图的构建.结论 LncRNA的异常表达与LSCC发生及颈淋巴结转移有关,LSCC颈淋巴结转移相关lncRNA-mRNA共表达网络图的构建为LSCC的临床研究提供实验依据.