基于RAD-seq的苦草属(Vallisneria) SSR标记开发

苦草(Vallisneria)隶属于水鳖科(Hydrocharitaceae),是水域生态修复的先锋物种.为了对苦草属植物进行比较全面的SSR信息分析,本研究基于RAD-seq (restriction-site associated DNA sequencing)简化基因组测序技术获得了苦草的简化基因组序列信息,并开发了SSR分子标记与引物设计.在所得序列中共检测到366个SSR位点,成功设计出引物的有355个,其中二碱基重复基序数量最多,占总数的59.56％,通过筛选和验证,最终确定了23对具有多态性的SSR引物.Genepop软件分析结果显示,这23个位点的等位基因数均值为3.26,多态性高且不连锁(P＜0.05);4个位点在多数群体中偏离哈迪温伯格平衡(P＜0.01)且纯合子与杂合子比例相当(观测杂合度均值0.460),近交系数高(Fis均值0.880),可能是因为单个群体采样集中,且由于苦草属植物同时具备无性、有性两种繁殖方式中的无性繁殖所致.