利用SNP芯片结合BSA的方法定位花生黑色种皮颜色基因

种皮颜色是花生的重要农艺性状.本研究利用粉红种皮×黑种皮的两个分离群体(WH10/YH29,GT-C20/YH29)的F2∶3家系,分别构建了粉红色和黑色种皮的极端池,并利用花生二代SNP芯片(Axiom_Arachis2,r2)结合集群分离分析法(bulked segregate analysis,BSA)对花生黑种皮基因进行了定位研究.SNP芯片检测和生物信息学分析结果表明,控制花生黑色种皮的基因定位在Arahy.10染色体.在Arahy.10染色体上,总共146(82％)的SNP位点富集在10～29 Mb和70～109 Mb两个区间内.生物信息学分析表明,在这两个区段内有5个SNP位点在外显子区,全部位于70～109Mb区间.此外,本研究还在70～109 Mb内筛选到一个与黑种皮性状紧密连锁的SSR标记pTsaSSR107.16,表明该区间可能包含控制花生黑种皮的基因,该结果将为花生黑色种皮基因的精细定位提供参考.另外,本研究结果还表明SNP芯片结合BSA分析可以作为花生基因初定位的工具,其推广和应用将促进花生基因定位的研究进程.