基于生物信息学挖掘胰腺癌差异表达基因与功能及研究SSBP1对患者生存预后的影响

目的:分析胰腺癌(PAAD)中差异表达基因与功能;研究线粒体单链DNA结合蛋白(SSBP1)在PAAD组织中的表达及生存预后分析.方法:检索TCGA数据库中有关PAAD的表达谱芯片RNA-seqLevel-3数据,通过Perl程序语言、R软件中的edger包筛选具有显著表达差异的基因(DEGs);利用基因表达谱在线分析平台GEPIA分析SSBP1在人体多种肿瘤组织和正常组织中的表达差异,并通过Ocomine、GEPIA对比分析PAAD组织与正常组织中SSBP1在mRNA水平的表达差异;基于STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)并通过Cytoscape软件筛选核心基因(Hub Gene)后运用DAVID数据库进行GO功能注释和KEGG富集分析;最后,结合R2平台与GEPIA分析SSBP1、NIP7、PRPF3、INTS3等核心基因的表达与PAAD患者生存预后的关系.结果:TCGA数据库分析发现,PAAD组织中共有777个DEGs,其中含26个表达上调基因、751个表达下调基因;Oncomine、GEPIA及R2研究显示,PAAD组织中SSBP1 mRNA的表达水平较正常组织均明显升高(P＜0.05),且高表达组患者预后更差,差异具有统计学意义(R2:P=0.046;GEPIA:P=0.001 9).结论:SSBP1在PAAD中显著高表达且提示预后不良,有望成为PAAD患者早期诊断、治疗及判断预后的分子靶标.