基于基因组高通量测序的脑胶质瘤组织中差异表达长链非编码RNA筛选及验证

目的 基于基因组高通量测序筛选脑胶质瘤组织中异常表达的长链非编码RNA(lncRNA),并验证其结果.方法 收集19例脑胶质瘤组织和5例正常脑组织,进行基因组高通量测序,应用edgeR软件进行两样本间差异基因分析,计算两样本间的差异倍数和P值,筛选出差异表达的lncRNA.另收集70例脑胶质瘤组织和20例正常脑组织,采用qPCR法验证脑胶质瘤组织中表达上调和下调前3位lncRNA的表达水平.结果 脑胶质瘤组织中存在明显的差异表达的lncRNA共3040个,其中表达上调1233个、下调1807个.qPCR结果显示,差异表达上调前3位的TCONS_00010961、ENST00000443546.1、ENSG00000262119.1表达水平较正常脑组织升高,而差异表达下调前3位的ENST00000531508.1、TCONS_00004034、ENST00000504876.1表达水平较正常脑组织下降(P<0.05或<0.01),与基因组高通量测序结果一致.结论 从脑胶质瘤组织中筛选出差异表达的lncRNA,经验证与测序结果一致;为其用于胶质瘤的临床诊断、治疗、预后提供理论依据及奠定前期的研究基础.