自噬基因结肠癌预后模型建立及验证

目的 通过筛选结肠癌预后自噬相关基因,构建一种基于差异表达自噬基因的结肠癌预后模型,探讨其特征及临床意义.方法 在癌症基因组数据库(TCGA)中,检索结肠癌的转录组数据,利用wilcox检验进行差异分析,筛选出结肠癌差异表达的自噬基因,对其进行KEGG pathway和GO功能富集分析.结合临床信息,使用COX分析筛选出结肠癌预后相关差异表达的自噬基因,构建预后风险预测模型并进行单因素及多因素回归分析验证.结果 共收集524例样本,其中42例正常样本,482例结肠癌肿瘤样本;发现结肠癌差异表达自噬基因35个,其中16个基因上调,19个基因下调;GO与KEGG富集分析结果显示:差异表达的自噬基因主要分布在自噬、凋亡、氧化应激、细胞色素c释放以及肿瘤耐药方面.结合患者临床信息,本研究对差异表达自噬基因进行COX分析,共筛选出5个差异表达自噬基因WIPI2、RAB7A、ULK3、PELP1和DAPK1参与构建风险计算模型.生存曲线和风险曲线显示:本模型与患者生存率存在显著相关性,且预后模型、参与模型构建的基因与癌症分期、病人年龄均存在统计学意义.通过Real-time PCR实验检测对本模型风险值贡献最大的RAB7A基因及WIPI2基因在人正常结肠细胞(NCM460)与人结肠癌细胞(HCT116、RKO)中的表达水平,结果显示在人结肠癌细胞中RAB7A及WIPI2基因表达水平高于人正常结肠细胞(P＜0.05).结论 通过COX回归分析成功地构建出基于差异表达自噬基因的结肠癌预后模型,该模型筛选的结肠癌预后自噬相关基因可作为结肠癌预后独立危险因子.