免疫相关基因预后模型的构建对喉癌患者预后的影响
International Journal of Otolaryngology-Head and Neck Surgery(2021)
Abstract
目的:探讨基于生物信息学方法构建免疫相关基因(immune-related genes,IRG)预后模型以准确预测喉癌患者的预后。方法:从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得111个喉癌组织和12个正常相邻组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)。利用ImmPort数据库识别出差异表达的IRG。Cox单变量生存分析用于筛选与生存相关的IRG。差异表达的与生存相关的IRG被认为是预后相关的免疫基因。然后构建免疫基因预后模型计算患者风险值,受试者ROC曲线分析验证模型准确性。通过该模型行单因素、多因素独立预后分析证明其独立预测能力。最后分析关键免疫基因与临床病理参数的关联。结果:鉴定喉癌的DEG并筛选出IRG。接着与预后生存时间结合,鉴定8个关键免疫基因(CXCL11、RBP1、AQP9、CYSLTR2、BTC、STC2、UCN和FCGR3B)作为免疫基因预后模型,这种预后模型可以准确的将患者分为高危和低危人群。总体生存分析表明,高危患者的生存时间比低危患者要短( P<0.0001)。模型的ROC曲线下面积为0.810,提示预后模型具有较高的敏感性和准确性。单因素和多因素Cox回归表明其为喉癌患者预后的独立预测因素。此外,我们发现模型中的5个关键基因与临床病理特征显著相关。 结论:基于生物信息学方法构建喉癌的免疫相关基因预后模型,发现8个基因有助于预测喉癌患者的预后,其中5个与临床病理特征显著相关。
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Key words
Laryngeal Neoplasms,Tumor Microenvironment,Prognosis,immune-related genes,prognostic model
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