跳枝碧桃花色性状的全基因组关联分析

跳枝碧桃(Prunus persicaf.versicolor)在同一植株上可产生二色花和嵌合花,具有很高的观赏价值.以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料,利用简单重复序列(SSR)标记研究其遗传背景.通过PCR扩增,筛选出6对多态性引物,共计扩增出17个多态性条带,平均有效等位基因2.83个.SSR标记基因分型结果表明,供试材料可分为3种基因型,各采样地均具有2～3种基因型,同一植株的不同分枝基因型完全一致.基于基因分型结果,选取3种基因型跳枝碧桃各1株进行基因组重测序,结合公开发表的数据,进行位点变异分析,并构建系统发育树.结果 显示3种基因型的跳枝碧桃聚在一个分支,其中B20、T3基因型与'洒红桃'聚在一起,W5基因型相对独立.3种基因型的跳枝碧桃在起源上比较接近,但不同基因型之间存在一定的遗传差异.通过整合单核苷酸多态性(SNP)信息和花色表型开展全基因组关联分析(GWAS),鉴定出5个SNP与花色跳枝性状显著关联(P值＜10-100),均位于7号染色体.在显著SNP位点的邻近基因组区段发掘3个DICER-LIKE 2(DCL2)基因,揭示在桃树花色跳枝性状的形成中,依赖DCL2的表观遗传修饰途径可能发挥重要作用.