苹果茎痘病毒在山楂中的首次鉴定与序列分析

山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少.本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV).利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs).ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8％～80.9％和81.7％～92.8％;ORFs 2～4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1～3,TGB 1～3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9％～98.2％;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8％～88.4％和69.8％～92.2％,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限.将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5％),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性.综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了 ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考.