新型冠状病毒刺突糖蛋白D614G变异的时间变化和空间分布特征分析

目的:通过对新型冠状病毒公共数据库的序列进行分析，了解刺突糖蛋白（S蛋白）D614G变异时间变化和空间分布特征。方法:本研究纳入截止至2020年7月21日在国内外新型冠状病毒公共数据库（GenBank、EpiCoV、CNGBdb、Genome Warehouse和NMDC）公布的核酸序列，对各数据库获取的序列进行去重、序列过滤和比对等数据分析以确定纳入序列的S蛋白D614G变异情况，并对包含该变异的毒株进行时间变化和空间分布特征分析。结果:本研究经数据过滤后最终纳入分析的序列56 201条，其中来自中国的序列1 060条（1.9%），其他国家来源的序列55 141条（98.1%），13 570条（24.1%）序列为野生型，42 631条（75.9%）序列发生D614G变异。D614G变异最早在四川（EpiCoV数据库：EPI_ISL_451345）和浙江（NMDC数据库：NMDC60013101-01）2020年1月24日采集样本并测序的毒株中被发现，该2株毒株均与来自武汉（2019年12月30日）的毒株参考序列（NC_045512）同源性最高，同源性均为99.9%以上。在纳入分析不同时间的序列中，D614G变异毒株的构成比呈明显上升趋势，自2020年2月份起至2020年6月份，D614G构成比均明显高于2019年12月份的数据，均 P＜0.05，D614G变异构成比最多的国家为比利时（86.7%），其次为英国（79.0%）和美国（76.1%），构成比最少的国家为中国（20.2%）。在来自中国毒株的序列中，D614G变异也呈上升趋势，自2020年3月份起至2020年6月份，D614G构成比均明显高于2019年12月份的数据，均 P＜0.05。国内曾发现D614G变异毒株主要分布在广州（50.9%）、台湾（27.1%）和北京（10.8%）。 结论:新型冠状病毒S蛋白D614G变异毒株构成比呈现明显上升趋势，且主要存在于国外的毒株，应对其动态监测，进一步了解其流行病学特点。