基于12 SrRNA和ND3基因序列分析巨遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨(Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析.应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算.结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8％、C为25.7％、A为32.1％、G为21.4％和T为29.5％、C为28.2％、A为28.1％、G为14.1％,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003～0.284(12S rRNA),0.009～0.059(ND3)和0.004～1.062(12S rRNA),0.008～0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性.结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支.