东南地区猪圆环病毒2型检测及分子流行病学分析

[目的]分析我国东南地区2012-2018年规模化猪场猪圆环病毒2型(PCV2)的流行动态、基因组特性及病毒重组情况,为猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的防控和疫苗开发提供理论依据.[方法]对2012-2018年采自福建、江西、广东、江苏及浙江等省规模化猪场疑似断奶仔猪多系统衰弱综合症(PMWS)猪只的649份组织样本及血清样本采用PCR方法进行检测,对PCV2进行基因分型,并选取54份阳性样品进行PCV2全基因组同源性比对、系统发育分析和重组分析,同时对ORF2基因进行遗传进化分析和衣壳(Cap)蛋白氨基酸序列比对.[结果]东南地区猪场感染PCV2较普遍,PCV2阳性率为41.9％(272/649).猪场存在PCV2a、PCV2b、PCV2d和PCV2e 4个基因型毒株,其中以PCV2d流行为主.基于PCV2全长核苷酸序列和ORF2基因的系统进化分析表明,54株PCV2毒株均分为4个基因型;PCV2e毒株检出率较低(仅为0.46％),其基因组全长1 777 bp,与其他基因型代表毒株的全长核苷酸同源性较低(91.0％～93.0％).重组分析表明,不同基因型毒株间存在重组现象.Cap蛋白的氨基酸序列分析表明,不同基因型具有特征性的突变位点.[结论]东南地区猪场存在4种基因型PCV2,其中PCV2d为优势基因型,不同基因型毒株间存在重组现象.新基因型PCV2e的检出率较低.