熊猫EST序列的生物信息学分析

熊猫是我国的国宝,是生物界的"活化石".但是由于种种原因,熊猫的数量逐渐减少,其中繁殖率低是一个很重要的因素.所以通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要,而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一.本文运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列,以期为熊猫基因组学研究提供科学依据.研究结果表明:从NCBIdbEST数据库中获得709条熊猫的EST,并对其预处理、拼接和聚类,获得46条Contig和527条singlets.利用在线软件SSRIT对636条EST进行SSR筛选分析,共获得150个SSR,出现频率26.17％,平均每1.79 kb就出现一个SSR.熊猫EST—SSR中二核苷酸SSR最多为124条,比例为82.67％;其次是三核苷酸,共有21条,比例为14％;四核苷酸共有5条,比例为3.33％;不包含五、六核苷酸.熊猫EST—SSR一共有31种重复基元,其中出现最多的是AT/AT和AG/CT.在筛选出的150条SSR中,重复数为4次的SSR有117个,重复数为5次的有19个,6次的有8个,7次的有1个,8次的有3个,9次的有2个.对部分含有SSR的EST序列进行了开放阅读框查找和理化性质分析,其中除6条未能找到开放阅读框外,其他的EST都能找到开放阅读框,最大的开放阅读框为561 bp,最小的为75 bp.