基于RNA-Seq技术鉴定撒坝猪与杜洛克猪肝脏组织差异表达基因

为了鉴定撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织的转录组差异表达基因,揭示撒坝猪肉质性状和生长性状的相关遗传机理,实验以260日龄撒坝猪和杜洛克猪肥猪(各4头)为研究对象,用RNA-seq技术并结合现代高通量测序技术对撒坝猪和杜洛克猪的肝脏组织样品进行测序,鉴定并挑选撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织中的差异表达基因,并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析与可变剪接分析.从撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织中共鉴定出差异表达基因2326个,其中上调表达基因1049个,下调表达基因1277个;在GO数据库中共检测到521个差异表达基因,在KEGG数据库中共检测到651个差异表达基因;经过对差异表达基因进行显著富集通路的分析挑选出可能与撒坝猪肉质和生长性状相关的通路20条;进一步与标准参考基因组对比分析共发掘出27499个差异可变剪接.说明PPAR信号通路等20条信号通路在撒坝猪的肉质形成和生长发育过程中起重要作用.本研究结果为猪种遗传改良提供了理论参考依据.