广西PRRSV分离株Y12018全基因组扩增和遗传进化分析

为监测广西地区猪繁殖与呼吸系统综合征病毒(PRRSV)的流行和变异情况,本研究从广西省某猪场采集样本成功分离获得PRRSV毒株并命名为Y12018,并参考扩增全长所需的10对特异性引物对其全基因组序列分段扩增后连接,为进一步鉴定Y12018毒株,将Nsp2与GP5等序列分别与参考毒株进行对比,分析该分离株与国内外典型毒株的遗传进化关系从而探究其基因组来源.结果 显示,Y12018毒株基因组全长为15017 bp(除去polyA尾),与NADC30毒株遗传关系最为接近,全基因组同源性为94.4％;Nsp2同源性为96.8％,与NADC30相比缺失的2个氨基酸,对应VR-2332为587～588位点;GP5同源性为93.5％,对应氨基酸序列有31个位点发生改变;其余各开放阅读框的同源性为92.9％～97.1％;遗传演化分析结果表明分离株Y12018属于类NADC30毒株.