基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析

为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平,基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记(EST-SSR)特征,筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性.转录组测序分析共获得46 386条非冗余基因(unigene),其中13 544条unigene序列中含有18 720个简单重复序列(simple se-quence repeats,SSR)位点,SSR的发生频率为29.20％,平均每2.73 kb出现1个SSR,分布频率为40.36％.优势重复序列为单核苷酸,占总SSR数量的49.39％,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR数量的25.44％和24.13％.AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸以及三核苷酸的优势重复基元.以30份奶奶青菜和5份其他芸薹属蔬菜为材料,从37对引物中筛选出17对多态性引物,扩增得到135条多态性条带,多态性比例达88.2％.遗传多样性分析结果显示,平均等位基因数(Na)为5.705 9,平均有效等位基因数(Ne)为2.397 8,平均多样性指数(I)为1.036 1,平均观察杂合度(Ho)为0.312 1,平均期望杂合度(He)为0.530 0,平均Nei's期望杂合度为0.521 9,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性.通过非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类.试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考.