甜荞根转录组SSR位点特征分析

对甜荞根转录组的SSR位点进行了统计分析,并设计了引物.利用Misa软件在长度大于200 bp的55392条Transcripts中,共检索到3906个SSR位点,出现频率为1/1.709 kb.随着Transcripts长度的增加,含SSR序列的比例和SSR分布频率均增加.单、二和三核苷酸重复类型共占SSR位点总数的95.80％,其中单核苷酸重复数量最多,占48.13％;(A)n、(AG)n和(AAG)n分别是单、二和三核苷酸重复的优势基序,分别占47.51％、7.65％和9.49％.SSRs数量随着基序重复次数的增加而减少.10次(25.45％)、6次(15.34％)和5次(20.71％)重复的SSR数量最多.基于Krait v0.10.2软件共成功设计了1183对SSR引物,其中3对来自黄酮生物合成关键基因.