谷子生长调节因子互作因子基因家族生物信息学分析

[目的]生长调节因子互作因子(GRF-interacting factor,GIF)是植物体内一类转录共激活因子,在植物生长发育和逆境胁迫中起重要作用.通过系统分析谷子GIF基因家族的组成、各成员的结构以及进化关系,为GIF基因调节机制研究提供参考.[方法]利用谷子基因组数据库,采用生物信息学的方法,鉴定谷子GIF基因家族的基因结构、染色体定位,编码蛋白相似性、二级结构、跨膜区和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析.[结果]谷子含有3个GIF基因,均含有4个外显子,分布于第3、8和9号染色体上.编码SiGIF1蛋白和SiGIF2蛋白相似性最高,为72.04％,SiGIF1蛋白和SiGIF3蛋白相似性最低,为37.08％.二级结构分析显示,谷子GIF蛋白无规则卷曲占比最高(41.56％～56.60％),其次为α-螺旋(34.43％～35.50％),再次为β-转角(5.19％～11.69％),β-折叠最低(3.23％～11.26％).TMHMM跨膜区进行分析显示,谷子GIF蛋白均不含有跨膜区.MEME保守基序分析显示,谷子GIF蛋白均含有保守的SSXT(PF05030)结构域.磷酸化位点预测分析表明谷子GIF蛋白均含有潜在磷酸化位点.[结论]谷子GIF基因家族的基因结构、磷酸化位点预测等生物信息学分析结果将为揭示谷子GIF基因家族在谷子生长发育过程中的功能提供重要的线索.