满江红内生细菌的培养及其抗生素抗性基因的检测

[目的]水产养殖中广泛使用抗生素会导致抗生素抗性基因在水环境中的传播.水生植物满江红含有丰富的内生菌,建立满江红内生细菌群落及所含有的抗生素抗性基因的检测方法,可以为水环境中抗性基因的监测提供参考.[方法]用3种不同的培养基对小叶满江红的内生细菌进行培养并对培养物进行宏基因组测序及生物信息学分析.[结果]共得到高质量的序列数据量48.66 G,预测出54180个基因(ORFs).通过分类学信息数据库NR共注释出1712种微生物物种,在总门水平上属38个门,其中3种培养物中变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度均占全部门类的99.14％以上.在总属水平,草螺菌属(Herbaspirillum)的丰度为91％左右,伯克霍尔德菌属(Burkholderia)可达1.2％左右.比对抗生素抗性基因数据库ARDB,3个样品共注释到10个与抗生素有关基因ARG,主要针对杆菌肽(bacitracin)和氯霉素(chloramphenicol)产生抗性.与综合抗生素抗性基因数据库CARD进行比对,获得212抗生素相关基因ARO.按照抗性机制分类,其中对抗生素起直接作用的抗性类基因AR的丰度占88％以上;对抗生素有敏感作用的抗性基因AS的丰度均在7％左右;抗生素靶标类抗性基因AT占4％～6％.[结论]通过3种不同的培养基获得的满江红内生细菌的群落结构,抗生素抗性基因类型基本一致.