多平台检测循环游离DNA突变在非小细胞肺癌患者中的应用评估

目的:基于下一代测序技术（NGS）检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者血浆循环游离DNA（cfDNA）突变的性能验证，评估NGS、微滴式数字PCR（ddPCR）和超级扩增阻滞突变系统（super-ARMS）在NSCLC患者中的应用。方法:入组75例于复旦大学附属中山医院呼吸科就诊的NSCLC患者。采用NGS检测标准品、25例初诊未治疗患者的血浆cfDNA、以及血浆中掺入血红蛋白（0.5 mg）、胆红素（0.5 mg）、脂肪乳（0.5 mg）、肠球菌基因组DNA（gDNA）和大肠埃希菌gDNA的自制混合标本，以验证NGS平台的空白限、分析灵敏度、精密度、准确性及分析特异性。采用ddPCR和NGS检测75例NSCLC患者的cfDNA突变，比较两平台的突变阳性率，采用Pearson相关性检验比较两平台对于cfDNA突变丰度之间的线性关系。在75例患者中采用简单随机抽样法抽取12例进行血浆super-ARMS平台的检测，比较NGS、ddPCR与super-ARMS的检测一致性。结果:NGS平台对血浆cfDNA突变检测的空白限为0.00%；敏感度为0.2%；批内精密度、批间精密度均为100%；准确性为100%；检测结果不受血浆内源性血红蛋白、胆红素、甘油三酯或外源性DNA干扰影响，分析特异性好。75例NSCLC患者血浆cfDNA 的ddPCR平台和NGS平台的突变阳性率分别为61.33%、60.00%，完全一致率为89.33%。NGS与ddPCR均检测出突变的51个位点的突变丰度呈正相关（ r=0.984， P=0.001）。在简单随机抽样法抽取的12例NSCLC患者血浆中，NGS、ddPCR与super-ARMS三平台检测结果完全一致的共7例，包括2例野生型，5例突变型。 结论:NGS平台经验证可用于NSCLC患者cfDNA突变检测，ddPCR、NGS、super-ARMS对血浆cfDNA的突变检测各有优势。