基于高通量测序的结直肠癌组织中环状RNA功能研究与预后分析

目的·通过分析结直肠癌组织中环状RNA(circular RNA.circRNA)的差异表达谱,揭示结直肠癌的发生机制及差异表达circRNA与结直肠癌患者预后之间的关系.方法·收集上海交通大学附属第一人民医院普外科行结直肠癌根治术12例患者的肿瘤与癌旁正常组织,使用高通量测序技术检测结直肠癌及癌旁组织中circRNA的表达情况.通过基因本体(gene ontology,GO)注释分析及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.KEGG)通路富集分析,对差异表达的circRNA进行功能预测.在显著表达上调与下调的circRNA中各挑选2个circRNA,采用实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR.RT-qPCR)技术在44对结直肠癌组织中验证测序结果的准确性,通过搜索公共数据库构建这4种circRNA与微RNA(microRNA,miRNA)特异性结合网络图.最后结合患者预后资料判断差异表达circRNA与预后的关系.结果·经高通量测序共检测出20 924个circRNA.与癌旁正常组织比较在结直肠癌组织中异常显著表达的circRNA共有373个(|log2FC|>l,P<0.05),其中显著上调的有243个,显著下调的有130个.在44对结直肠癌样本中,RT-qPCR验证结果与高通量测序数据筛选的circRNA表达趋势基本一致.通过绘制circRNA-miRNA-mRNA互作网络后发现,与circRNA相关的miRNA与mRNA在结直肠癌患病过程中可能起着关键作用.结合患者预后信息,hsa_circ_0023984,hsa_circ_0008192高表达的患者预后较差;hsa_circ_0020093,hsa_circ_0069922高表达的患者预后较好.结论·结直肠癌组织中存在异常表达的circRNA,这对进一步研究circRNA在结直肠癌发生和发展中的作用机制奠定了基础,对未来新型临床诊断标志物及治疗的发展提供有价值信息.