The Gut Microbiota

52. L. Dethlefsen, D. A. Relman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108 (suppl. 1), 4554 (2011). 53. H. E. Jakobsson et al., PLoS ONE 5, e9836 (2010). 54. C. Jernberg, S. Löfmark, C. Edlund, J. K. Jansson, ISME J. 1, 56 (2007). 55. V. B. Young, T. M. Schmidt, J. Clin. Microbiol.42, 1203 (2004). 56. R. C. Owens Jr., C. J. Donskey, R. P. Gaynes, V. G. Loo, C. A. Muto, Clin. Infect. Dis. 46 (suppl. 1), S19 (2008). 57. K. P. Lemon, G. C. Armitage, M. A. Fischbach, Sci. Transl. Med. 4, 137rv5 (2012). 58. R. T. Paine, M. J. Tegner, E. A. Johnson, Ecosystems 1, 535 (1998). 59. E. Elinav et al., Cell 145, 745 (2011). 60. K. Shea, P. Chesson, Trends Ecol. Evol. 17, 170 (2002). 61. P. J. Turnbaugh et al., Nature 444, 1027 (2006). 62. J. L. Sonnenburg, L. T. Angenent, J. I. Gordon, Nat. Immunol. 5, 569 (2004). 63. B. A. Duerkop, S. Vaishnava, L. V. Hooper, Immunity 31, 368 (2009). 64. A. J. Macpherson, M. B. Geuking, E. Slack, S. Hapfelmeier, K. D. McCoy, Immunol. Rev. 245, 132 (2012). 65. M. E. Johansson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 15064 (2008). 66. I. Sekirov, B. B. Finlay, J. Physiol. 587, 4159 (2009). 67. A. J. Macpherson, N. L. Harris, Nat. Rev. Immunol. 4, 478 (2004). 68. M. Kanther, J. F. Rawls, Curr. Opin. Immunol. 22, 10 (2010). 69. M. Bohnhoff, C. P. Miller, J. Infect. Dis. 111, 117 (1962). 70. N. Yurdusev, M. Ladire, R. Ducluzeau, P. Raibaud, Infect. Immun. 57, 724 (1989). 71. S. Fanning et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.109, 2108 (2012). 72. S. Fukuda et al., Nature 469, 543 (2011). 73. C. P. Kelly, J. T. LaMont, N. Engl. J. Med. 359, 1932 (2008). 74. B. Stecher et al., PLoS Biol. 5, e244 (2007). 75. P. Thiennimitr et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 17480 (2011). 76. V. Klepac-Ceraj et al., Environ. Microbiol. 12, 1293 (2010). 77. J. Lederberg, Science 288, 287 (2000). 78. G. C. Daily et al., Issues Ecol. 2, 1 (1997). 79. C. Allan, G. H. Stankey, Eds., Adaptive Environmental Management: A Practitioner’s Guide (Springer, Heidelberg, 2009). 80. H. Sokol et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 16731 (2008). 81. J. M. Chase, Oecologia 136, 489 (2003). 82. T. Fukami, in Community Ecology: Processes, Models, and Applications, H. A. Verhoef, P. J. Morin, Eds. (Oxford Univ. Press, Oxford, 2010), pp. 45–54.