Classification de dynamiques temporelles de paludisme à l’échelle du village dans le cadre d’un programme d’élimination du paludisme

Introduction L’identification de dynamiques temporelles locales de maladies infectieuses est un outil precieux pour decrire la transmission et guider le deploiement d’interventions differenciees. Ceci necessite la comparaison simultanee d’un grand nombre de series chronologiques. Ce travail propose une methodologie associant les donnees fonctionnelles a une classification de partitionnement autour des medoides (PAM), appliquee aux cas de paludisme a P. vivax (PV) dans une region du Myanmar ou l’incidence est fortement heterogene. Methodes Le taux d’incidence de PV a ete estime pour chaque village a partir des donnees de suivi des cas collectees dans le cadre d’un programme d’elimination du paludisme situe au Myanmar. Un lissage des series a ete realise par la transformation en donnees fonctionnelles grâce a l’analyse de regression penalisee sur la rugosite. Puis, une classification PAM a permis d’identifier des profils dynamiques parmi les series fonctionnelles. L’association de la classification PAM a une metrique flexible autorisant des decalages temporels dynamiques (DTW) a permis le regroupement de villages ayant des dynamiques saisonnieres similaires ne differant que par un decalage de quelques semaines. Resultats Au total, 657 series d’incidence de PV de 2016 a 2020 ont ete transformees en donnees fonctionnelles et classifiees en 10 profils dynamiques. Deux profils ne presentaient aucun cas de paludisme (n = 479), ou des cas sporadiques residuels (n = 77). Un profil se caracterisait par une tendance a la diminution de l’incidence en saison des pluies (n = 8), alors qu’un second se distinguait par l’apparition de cas uniquement en saison froide (n = 33). Deux profils presentaient une tendance a la hausse de l’incidence et se distinguaient par leur saisonnalite (n = 32, n = 18). Deux profils mettaient en evidence 8 villages ayant une incidence persistante. Enfin, deux profils identifiaient deux villages specifiques. Conclusion L’association de la classification PAM a la metrique DTW apres lissage en donnees fonctionnelles a permis de caracteriser des profils dynamiques selon leur saisonnalite, amplitude et tendance. Cette approche a mis en evidence 58 villages ayant une incidence persistante ou une tendance a l’augmentation. Ces villages constitueraient donc des lieux prioritaires d’intervention, notamment pour deployer l’acces au traitement radical de Plasmodium vivax.