Analyses intégratives de 100 génomes de carcinome baso-cellulaire dans le contexte des profils de transcription et de méthylation

Le carcinome basocellulaire (CBC) de la peau est la tumeur maligne humaine la plus frequente avec un risque a vie de 30 % et une incidence croissante. Le CBC est caracterise par une activation de la voie Sonic Hedgehog et par un phenotype hyper-mutant du aux UV. Dans cette etude, nous presentons le sequencage de 96 genomes et 259 exomes de CBC. Ces donnees sont completees par l’ARNseq et le profilage de methylation du CBC et de la peau. Plus de 20 millions de mutations ponctuelles ont permis une analyse de la mutagenese induite par les UV et ont revele des differences entre CBC et melanome. La variation des spectres et la clusterisassions des mutations a travers les regions genomiques avec differentes co-variables genomiques, ont ete utilisees pour la decomposition en processus biologiques distincts. La decouverte de « drivers » a valide des genes connus, y compris PTCH1, SMO, MYCN, PTPN14 et de nouveau genes dans d’autres voies de cancer. L’analyse d’ARN a revele les voies impliquees dans la pathogenese des CBC et l’heterogeneite histologique. Ce travail represente une premiere etude genomique a grande echelle des mecanismes mutationnels de CBC et des consequences fonctionnelles des mutations codantes et non-codantes.