苦荞转录组EST-SSR发掘及多态性分析

利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描,共得到2 700个SSR位点,分布于2 624条EST序列中,SSR位点平均距离为1/1.73 kb.随着EST序列长度的增加,含SSR位点序列的比例也随之升高,800 bp以上EST序列含SSR的比例明显高于800 bp以下序列.单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复是苦养EST-SSR主导类型,分别占总SSR的52.11％、13.33％和30.63％,其中(A)n、(AG)n和(AAG)n是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基序,分别占总SSR的51.85％、7.11％和8.93％.设计合成了150对EST-SSR引物,其中91对引物(60.67％)在40份苦荞种质中获得有效扩增,30对引物(32.97％)具有多态性.平均每对引物能检测到3.53个等位变异;多态信息含量(PIC)在0.10～0.71之间,平均达0.40.以上结果说明,从苦荞转录组EST序列中大规模开发SSR标记是一条简便而可行的途径.