Illumina MiSeq高通量测序分析花生仁内生细菌多样性
Journal of Kunming University（2018）
摘要
为了调查花生仁内生细菌种类多样性,应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定花生仁内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,并采用Mothur软件整理及统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和 α多样性.研究获得用于分析的有效序列和OTU数分别为69284和25;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.花生仁内生细菌主要分布于食酸菌属(Acidovorax)和希瓦氏菌属(Shewanella),丰度分别为83.33％和16.67％.且内生细菌的Chao1指数为25.00,Shannon指数为1.29.
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