桑葚转录组SNP/Indel位点的挖掘及功能注释

单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记.桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记.本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑葚转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/Indel位点的Unigene通过GO、KOG/COG、KEGG数据库进行比对.结果 表明:转换类型为SNP的主要类型.绿果期与黑果期转换类型中以A/G型最多,颠换类型中以A/T型最多.红果期转换类型以C/T型最多,颠换类型中以A/T型最多.Indel片段的长度以1、2、3 bp为主,大于10 bp的缺失突变数量远大于插入突变数量.分别有28345、6299、5737条序列的功能在GO、KOG/COG、KEGG数据库得到注释.从KEGG注释结果中筛选出122个与花青素、黄酮类合成相关且含有SNP/Indel标记的基因.果桑SNP/Indel标记数据库将在品种的选育、鉴定方面展现良好的应用前景.